Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0221929.07

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
KNEBHBDB_3953105903STR_RS058800.0CapsuleImmune modulation99.83100.00WP_011226149
KNEBHBDB_2150635872STU_RS162450.0CapsuleImmune modulation99.75100.00WP_002948020
KNEBHBDB_3953105903STER_RS060300.0CapsuleImmune modulation99.66100.00WP_011226149
KNEBHBDB_3953105903STU_RS152600.0CapsuleImmune modulation99.66100.00WP_011226149
KNEBHBDB_2129764124STU_RS162550.0CapsuleImmune modulation99.65100.00WP_041828290
KNEBHBDB_2141215079STU_RS162500.0CapsuleImmune modulation99.58100.00WP_011226328
KNEBHBDB_2170988153STU_RS162350.0CapsuleImmune modulation99.53100.00WP_002948022
KNEBHBDB_11955911217fbp540.0FBPsAdherence99.52100.00WP_011227179
KNEBHBDB_2181509934STU_RS162300.0CapsuleImmune modulation99.44100.00WP_011226325
KNEBHBDB_2158727078STU_RS162400.0CapsuleImmune modulation99.42100.00WP_011226326
KNEBHBDB_3959036772rfbA0.0CapsuleImmune modulation99.08100.00WP_011681286
KNEBHBDB_1790759814cbpD0.0AutolysinExoenzyme99.0587.26WP_011226733
KNEBHBDB_41855019150STR_RS052450.0CapsuleImmune modulation99.00100.00WP_196767671
KNEBHBDB_1745901380cshA0.0Cell surface hydrophobicity proteinsAdherence98.99100.00-
KNEBHBDB_785541410rfbD0.0CapsuleImmune modulation98.95100.35WP_014621820
KNEBHBDB_135922007STER_RS052500.0CapsuleImmune modulation98.8099.93WP_011681165
KNEBHBDB_42148422938STU_RS146500.0CapsuleImmune modulation98.76100.00WP_011226049
KNEBHBDB_42148422938STR_RS052650.0CapsuleImmune modulation98.62100.00WP_041827043
KNEBHBDB_41742418383STR_RS052400.0CapsuleImmune modulation98.23100.00WP_041827042
KNEBHBDB_215851860STU_RS162650.0CapsuleImmune modulation98.12100.00WP_011226331
KNEBHBDB_41930220037STER_RS053050.0CapsuleImmune modulation97.9699.33WP_011681174
KNEBHBDB_2118602867STU_RS162600.0CapsuleImmune modulation97.8399.70WP_011226330
KNEBHBDB_41930220037STU_RS146350.0CapsuleImmune modulation97.8399.33WP_011226046
KNEBHBDB_41928820037STR_RS052500.0CapsuleImmune modulation97.47100.00WP_011227246
KNEBHBDB_42148422938STER_RS053200.0CapsuleImmune modulation97.0699.79WP_011681177
KNEBHBDB_42075421483STER_RS053150.0CapsuleImmune modulation96.8699.59WP_011681176
KNEBHBDB_42075421483STU_RS146450.0CapsuleImmune modulation96.4599.59WP_011226048
KNEBHBDB_42075421483STR_RS052600.0CapsuleImmune modulation96.0499.59WP_011227248
KNEBHBDB_42004720728STU_RS146400.0CapsuleImmune modulation93.2598.41WP_011226047
KNEBHBDB_42004720728STR_RS052550.0CapsuleImmune modulation92.9698.41WP_011227247
KNEBHBDB_42004720728STER_RS053100.0CapsuleImmune modulation85.9298.41WP_011681175
KNEBHBDB_3938354881rfbB0.0CapsuleImmune modulation80.33100.00WP_009659423
KNEBHBDB_222203875plr/gapA0.0Streptococcal plasmin receptor/GAPDHAdherence85.2366.17WP_000260656
KNEBHBDB_22692967tig/ropA0.0Trigger factorStress survival80.1468.15WP_000107749

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
KNEBHBDB_9561129MntE0.0manganese homeostasis94.4199.72ABF32167
KNEBHBDB_5122284531pfl2(Sp_0459)0.0formate acetyltransferase93.1099.22AAK74619
KNEBHBDB_1544296675metE0.0methionine biosynthesis enzymes91.72100.00AAK74738
KNEBHBDB_291309511821IMPDH0.0inosine-5'-monophosphate dehydrogenase89.6586.21ADE32434
KNEBHBDB_10327193609bglB0.0putative phospho--glucosidase88.5599.66AAK33487
KNEBHBDB_714532345gidA0.0tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme86.0598.90ABP91129
KNEBHBDB_453791404mnmE0.0central tRNA-modifying GTPase83.6374.84ABP90420
KNEBHBDB_1482876395PepO0.0endopeptidase80.03100.00ABF32980
KNEBHBDB_2516869SP_06761.46e-170transcription facot81.2589.13AAK74821
KNEBHBDB_1568677724metF1.27e-166methionine biosynthesis enzymes86.0199.31AAK74739
KNEBHBDB_89124906prsA21.09e-160ribose-phosphate pyrophosphokinase89.6680.56ABF36968
KNEBHBDB_5083039013pdh2.02e-154pyruvate dehydrogenase83.1270.12ABP91006
KNEBHBDB_10160836793spr00846.34e-137pathogenitcity related87.7672.26AAK98888
KNEBHBDB_12219542625rr011.85e-131response regulator84.3899.56CAB54566
KNEBHBDB_151355414222CiaR3.36e-122two-component response regulator85.6599.55AAK74935
KNEBHBDB_151355414225ciaR4.78e-120two component system response regulator83.4899.12AIK75708
KNEBHBDB_16814031777SpxA22.07e-75transcriptional regulator91.2094.70ERL21461
KNEBHBDB_3774987211spr04797.07e-50essential gene86.4698.97AAK99283
KNEBHBDB_7067946570spr01773.37e-26essential gene82.6774.26AAK98981
KNEBHBDB_13621482978ilvC (SPD_0406)1.63e-172ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))94.2281.47ABJ55451
KNEBHBDB_5122284525PFL (B9H01_RS01125)0.0formate C-acetyltransferase83.0798.08MYN69560
KNEBHBDB_14812111981potA0.0ABC transporter ATP-binding protein-spermidine/putrescine transport89.1166.75AAL00050
KNEBHBDB_1596018471PGM0.0phosphoglucomutase84.0865.91ACH87041

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements