Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0122.24

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
PNFIDCEI_27716513063STER_RS052500.0CapsuleImmune modulation97.7399.79WP_011681165

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
PNFIDCEI_21329822278WalR1.99e-115transcriptional regulatory protein83.40100.00EPH95667
PNFIDCEI_11615291726CspR1.10e-34cold shock protein89.39100.00AAO82613

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
PNFIDCEI_8174618522repUS741062 / 106299.81CP000424

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
PNFIDCEI_10.01.00.0
PNFIDCEI_20.01.00.0
PNFIDCEI_30.01.00.0
PNFIDCEI_40.01.00.0
PNFIDCEI_50.01.00.0
PNFIDCEI_60.01.00.0
PNFIDCEI_70.01.00.0
PNFIDCEI_80.01.00.0
PNFIDCEI_90.01.00.0
PNFIDCEI_100.01.00.0
PNFIDCEI_110.01.00.0
PNFIDCEI_120.01.00.0
PNFIDCEI_130.01.00.0
PNFIDCEI_140.01.00.0
PNFIDCEI_150.01.00.0
PNFIDCEI_160.01.00.0
PNFIDCEI_170.01.00.0
PNFIDCEI_181.00.01.0
PNFIDCEI_190.01.00.0
PNFIDCEI_201.00.01.0
PNFIDCEI_210.01.00.0
PNFIDCEI_220.01.00.0
PNFIDCEI_230.01.00.0
PNFIDCEI_240.01.00.0
PNFIDCEI_250.01.00.0
PNFIDCEI_260.01.00.0
PNFIDCEI_270.01.00.0
PNFIDCEI_280.01.00.0
PNFIDCEI_290.01.00.0
PNFIDCEI_300.01.00.0
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PNFIDCEI_390.01.00.0
PNFIDCEI_401.00.01.0
PNFIDCEI_410.01.00.0
PNFIDCEI_420.01.00.0
PNFIDCEI_430.01.00.0
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PNFIDCEI_461.00.01.0
PNFIDCEI_470.01.00.0
PNFIDCEI_480.01.00.0
PNFIDCEI_490.01.00.0
PNFIDCEI_500.01.00.0
PNFIDCEI_510.01.00.0
PNFIDCEI_521.00.01.0
PNFIDCEI_530.01.00.0
PNFIDCEI_540.01.00.0
PNFIDCEI_550.01.00.0
PNFIDCEI_561.00.01.0
PNFIDCEI_570.01.00.0
PNFIDCEI_580.01.00.0
PNFIDCEI_590.01.00.0
PNFIDCEI_601.00.01.0
PNFIDCEI_610.01.00.0
PNFIDCEI_620.01.00.0
PNFIDCEI_630.01.00.0
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PNFIDCEI_650.01.00.0
PNFIDCEI_660.01.00.0
PNFIDCEI_670.01.00.0
PNFIDCEI_680.01.00.0
PNFIDCEI_690.01.00.0
PNFIDCEI_700.01.00.0
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PNFIDCEI_780.01.00.0
PNFIDCEI_790.01.00.0
PNFIDCEI_800.01.00.0
PNFIDCEI_811.00.01.0
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PNFIDCEI_830.01.00.0
PNFIDCEI_840.01.00.0
PNFIDCEI_850.01.00.0
PNFIDCEI_860.01.00.0
PNFIDCEI_870.01.00.0
PNFIDCEI_881.00.01.0
PNFIDCEI_890.01.00.0
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PNFIDCEI_1110.01.00.0
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PNFIDCEI_3710.01.00.0
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PNFIDCEI_3760.01.00.0
PNFIDCEI_3771.00.01.0
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PNFIDCEI_3800.01.00.0
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

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Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


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