Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
6006.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
KIPFAGPK_1981926420469Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.25100.00AF251288.1
KIPFAGPK_3836605585tet(Q)ARO:3000191tet(Q)97.1997.56Z21523.1
KIPFAGPK_19318392741cepAARO:3003559cepA100.00100.00U05883.1
KIPFAGPK_20217242689CfxA2ARO:3003002CfxA299.69100.00AF118110.1
KIPFAGPK_335141251ErmBARO:3000375ErmB98.7898.79AF242872.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
KIPFAGPK_19318392741cepAUnknown Beta-lactam100.00100.00L13472
KIPFAGPK_335141251erm(B)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S100.00100.00U18931
KIPFAGPK_20217242689cfxA3Ampicillin99.79100.00AF472622
KIPFAGPK_20217242689cfxA4Unknown Beta-lactam99.79100.00AY769933
KIPFAGPK_20217242689cfxA5Unknown Beta-lactam99.79100.00AY769934
KIPFAGPK_20217242689cfxACefoxitin, Ampicillin99.79100.00U38243
KIPFAGPK_3836605585tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline97.40100.00L33696

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
KIPFAGPK_19318422741cepACepA family extended-spectrum class A beta-lactamaseEXACTX100.00100.00WP_005795628.1
KIPFAGPK_335171251erm(B)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(B)EXACTX100.00100.00WP_002292226.1
KIPFAGPK_1982049421003lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
KIPFAGPK_20217242686cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamaseBLASTX99.69100.00WP_004339683.1
KIPFAGPK_1981926420466mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.25100.00WP_063853729.1
KIPFAGPK_3836605582tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX97.19100.00WP_002560998.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
KIPFAGPK_911481126360TrueSiphoviridaeVOG2703,
KIPFAGPK_14548849643FalseUnknownVOG2165,
KIPFAGPK_3036524871087FalseUnknownVOG5023,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements