Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
6006.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
MGLCGANE_36557787703tet(Q)ARO:3000191tet(Q)97.1997.56Z21523.1
MGLCGANE_4215732475cepAARO:3003559cepA100.00100.00U05883.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
MGLCGANE_4215732475cepAUnknown Beta-lactam100.00100.00L13472
MGLCGANE_4211736cfxA3Ampicillin99.8676.19AF472622
MGLCGANE_4211736cfxA4Unknown Beta-lactam99.8676.19AY769933
MGLCGANE_4211736cfxA5Unknown Beta-lactam99.8676.19AY769934
MGLCGANE_4211736cfxACefoxitin, Ampicillin99.8676.19U38243
MGLCGANE_36557787703tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline97.40100.00L33696

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
MGLCGANE_4215762475cepACepA family extended-spectrum class A beta-lactamaseEXACTX100.00100.00WP_005795628.1
MGLCGANE_3192059921108lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
MGLCGANE_4212736cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamasePARTIAL_CONTIG_ENDX99.5976.32WP_004339683.1
MGLCGANE_3111924mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.0376.81WP_063853729.1
MGLCGANE_4021924mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.0376.81WP_063853729.1
MGLCGANE_36557787700tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX97.19100.00WP_002560998.1
MGLCGANE_3192113621909mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.2264.34WP_063853729.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
MGLCGANE_62005628106FalseUnknownVOG0572,
MGLCGANE_82005628106FalseUnknownVOG0572,
MGLCGANE_92005628106FalseUnknownVOG0572,
MGLCGANE_2552969042949FalseSiphoviridaeVOG0749,
MGLCGANE_2561950331528FalseUnknownVOG4573,
MGLCGANE_4001947832737FalseSiphoviridaeVOG0749,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements