Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
6006.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
CKGMGDNH_26531914054aadSARO:3004683aadS100.00100.00M72415.1
CKGMGDNH_26518793015tet(X)ARO:3000205tet(X)99.2197.42M37699.1
CKGMGDNH_15818602762cepAARO:3003559cepA100.00100.00U05883.1
CKGMGDNH_2655411680tet(X1)ARO:3005166tet(X1)99.72105.57AJ311171.1
CKGMGDNH_2411665tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.7584.32Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
CKGMGDNH_2411665tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline100.0086.45X58717
CKGMGDNH_15818602762cepAUnknown Beta-lactam99.89100.00L13472
CKGMGDNH_75363935erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.8371.54M62487
CKGMGDNH_26518493015tet(X)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline, Tigecycline99.74100.00M37699
CKGMGDNH_891632cfxACefoxitin, Ampicillin100.0065.42U38243
CKGMGDNH_891632cfxA3Ampicillin100.0065.42AF472622
CKGMGDNH_891632cfxA4Unknown Beta-lactam100.0065.42AY769933
CKGMGDNH_891632cfxA5Unknown Beta-lactam100.0065.42AY769934

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
CKGMGDNH_26531914051aadSaminoglycoside 6-adenylyltransferase AadSEXACTX100.00100.00WP_003013318.1
CKGMGDNH_15818632762cepACepA family extended-spectrum class A beta-lactamaseEXACTX100.00100.00WP_005795628.1
CKGMGDNH_2411662tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)PARTIAL_CONTIG_ENDX100.0086.43WP_004293868.1
CKGMGDNH_2655411677tet(X1)tetracycline-inactivating monooxygenase Tet(X1)BLASTX99.74100.00WP_204376222.1
CKGMGDNH_26518493012tet(X2)tetracycline-inactivating monooxygenase Tet(X2)BLASTX99.74100.00WP_008651082.1
CKGMGDNH_75363935erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)PARTIALX99.4871.80WP_063844771.1
CKGMGDNH_893632cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamasePARTIAL_CONTIG_ENDX100.0065.42WP_004339683.1
CKGMGDNH_933632cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamasePARTIAL_CONTIG_ENDX100.0065.42WP_004339683.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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CKGMGDNH_2940.01.00.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
CKGMGDNH_115971019450FalseUnknownVOG0298,
CKGMGDNH_1703684144800FalseSiphoviridaeVOG4556,
CKGMGDNH_1783211942522FalseUnknownVOG3992,
CKGMGDNH_2621074620262FalseSiphoviridaeVOG7238,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements