Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0022.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
FAJALFCP_953658337290WalR2.09e-116transcriptional regulatory protein85.59100.43EPH95667
FAJALFCP_13227982CspR3.34e-29cold shock protein81.82100.00AAO82613
FAJALFCP_13227985CspA1.63e-28cold shock protein81.5498.48CAA62903

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
FAJALFCP_10.01.00.0
FAJALFCP_20.01.00.0
FAJALFCP_31.00.01.0
FAJALFCP_61.00.01.0
FAJALFCP_130.01.00.0
FAJALFCP_241.00.01.0
FAJALFCP_310.01.00.0
FAJALFCP_350.01.00.0
FAJALFCP_450.01.00.0
FAJALFCP_460.01.00.0
FAJALFCP_491.00.01.0
FAJALFCP_531.00.01.0
FAJALFCP_570.01.00.0
FAJALFCP_581.00.01.0
FAJALFCP_591.00.01.0
FAJALFCP_621.00.01.0
FAJALFCP_651.00.01.0
FAJALFCP_680.01.00.0
FAJALFCP_741.00.01.0
FAJALFCP_751.00.01.0
FAJALFCP_781.00.01.0
FAJALFCP_790.01.00.0
FAJALFCP_811.00.01.0
FAJALFCP_820.01.00.0
FAJALFCP_830.01.00.0
FAJALFCP_840.01.00.0
FAJALFCP_850.01.00.0
FAJALFCP_860.01.00.0
FAJALFCP_870.01.00.0
FAJALFCP_880.01.00.0
FAJALFCP_890.01.00.0
FAJALFCP_900.01.00.0
FAJALFCP_910.01.00.0
FAJALFCP_920.01.00.0
FAJALFCP_930.01.00.0
FAJALFCP_940.01.00.0
FAJALFCP_950.01.00.0
FAJALFCP_970.01.00.0
FAJALFCP_980.01.00.0
FAJALFCP_990.01.00.0
FAJALFCP_1000.01.00.0
FAJALFCP_1010.01.00.0
FAJALFCP_1020.01.00.0
FAJALFCP_1030.01.00.0
FAJALFCP_1040.01.00.0
FAJALFCP_1050.01.00.0
FAJALFCP_1060.01.00.0
FAJALFCP_1071.00.01.0
FAJALFCP_1080.01.00.0
FAJALFCP_1091.00.01.0
FAJALFCP_1111.00.01.0
FAJALFCP_1120.01.00.0
FAJALFCP_1130.01.00.0
FAJALFCP_1140.01.00.0
FAJALFCP_1150.01.00.0
FAJALFCP_1160.01.00.0
FAJALFCP_1170.01.00.0
FAJALFCP_1180.01.00.0
FAJALFCP_1190.01.00.0
FAJALFCP_1200.01.00.0
FAJALFCP_1210.01.00.0
FAJALFCP_1230.01.00.0
FAJALFCP_1240.01.00.0
FAJALFCP_1250.01.00.0
FAJALFCP_1260.01.00.0
FAJALFCP_1270.01.00.0
FAJALFCP_1280.01.00.0
FAJALFCP_1290.01.00.0
FAJALFCP_1300.01.00.0
FAJALFCP_1310.01.00.0
FAJALFCP_1320.01.00.0
FAJALFCP_1330.01.00.0
FAJALFCP_1340.01.00.0
FAJALFCP_1351.00.01.0
FAJALFCP_1360.01.00.0
FAJALFCP_1370.01.00.0
FAJALFCP_1380.01.00.0
FAJALFCP_1400.01.00.0
FAJALFCP_1410.01.00.0
FAJALFCP_1421.00.01.0
FAJALFCP_1431.00.01.0
FAJALFCP_1441.00.01.0
FAJALFCP_1451.00.01.0
FAJALFCP_1461.00.01.0
FAJALFCP_1471.00.01.0
FAJALFCP_1481.00.01.0
FAJALFCP_1511.00.01.0
FAJALFCP_1541.00.01.0
FAJALFCP_1551.00.01.0
FAJALFCP_1561.00.01.0
FAJALFCP_1571.00.01.0
FAJALFCP_1581.00.01.0
FAJALFCP_1591.00.01.0
FAJALFCP_1601.00.01.0
FAJALFCP_1610.01.00.0
FAJALFCP_1621.00.01.0
FAJALFCP_1631.00.01.0
FAJALFCP_1681.00.01.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
FAJALFCP_31450720119FalseSiphoviridaeVOG4618, VOG4618, VOG1517, VOG0720, VOG4564, VOG0638, VOG10914, VOG1319, VOG4713, VOG0723, VOG5660, VOG0724, VOG0799, VOG0725, VOG0800, VOG4545
FAJALFCP_1084247565681FalseSiphoviridaeVOG0641, VOG5008, VOG4828, VOG4633, VOG6163, VOG5852, VOG4586, VOG0704, VOG0539, VOG4589, VOG0562, VOG4553, VOG4573, VOG4556, VOG4844, VOG4841, VOG0638, VOG2545, VOG0376
FAJALFCP_1091911635022FalseSiphoviridaeVOG0760, VOG4602, VOG8520, VOG11003, VOG1563, VOG4995, VOG0083, VOG0322, VOG7263, VOG5280, VOG5317, VOG4548, VOG7264, VOG4693, VOG7265, VOG0637, VOG0198, VOG1315, VOG0796
FAJALFCP_1293636671759TrueSiphoviridaeVOG8653, VOG11003, VOG4548, VOG0198, VOG7438, VOG1047, VOG0021, VOG0026, VOG4552, VOG4606, VOG4548, VOG0198, VOG4581, VOG4571, VOG4544, VOG4556, VOG4573, VOG4553, VOG0204, VOG4589, VOG9502, VOG9409, VOG0221, VOG0221, VOG0221, VOG0539
FAJALFCP_14664168034FalseMyoviridaeVOG5924, VOG5353

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements