Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4024.47

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
LDOBDOKD_7465857289ErmAARO:3000347ErmA98.7196.30X03216.1
LDOBDOKD_7456776459ANT(9)-IaARO:3002630ANT(9)-Ia100.00100.00X02588.1
LDOBDOKD_6610532978tet(M)ARO:3000186tet(M)99.06100.31AB039845.1
LDOBDOKD_79425910lnuAARO:3002835lnuA96.89100.00M14039.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
LDOBDOKD_7456776459ant(9)-IaSpectinomycin99.87100.00X02588
LDOBDOKD_7465857276erm(A)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.8694.54X03216
LDOBDOKD_6610532978tet(M)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.27100.00X75073
LDOBDOKD_79425910lnu(A)Lincomycin98.35100.00M14039

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
LDOBDOKD_7456776456ant(9)-Iaaminoglycoside nucleotidyltransferase ANT(9)-IaEXACTX100.00100.00WP_000067268.1
LDOBDOKD_79425907lnu(A)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(A)BLASTX99.38100.00WP_001829870.1
LDOBDOKD_6610562978tet(M)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M)BLASTX99.38100.00WP_000691727.1
LDOBDOKD_7465887283erm(A)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(A)BLASTX98.7195.47WP_001072201.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
LDOBDOKD_222217421467WalR1.51e-116transcriptional regulatory protein85.59100.43EPH95667
LDOBDOKD_72301104CspR1.20e-29cold shock protein81.82100.00AAO82613
LDOBDOKD_72301107CspA5.83e-29cold shock protein81.5498.48CAA62903

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
LDOBDOKD_110.01.00.0
LDOBDOKD_180.01.00.0
LDOBDOKD_190.01.00.0
LDOBDOKD_201.00.01.0
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LDOBDOKD_910.01.00.0
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LDOBDOKD_930.01.00.0
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LDOBDOKD_950.01.00.0
LDOBDOKD_961.00.01.0
LDOBDOKD_970.01.00.0
LDOBDOKD_980.01.00.0
LDOBDOKD_990.01.00.0
LDOBDOKD_1000.01.00.0
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LDOBDOKD_1020.01.00.0
LDOBDOKD_1030.01.00.0
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LDOBDOKD_1051.00.01.0
LDOBDOKD_1061.00.01.0
LDOBDOKD_1070.01.00.0
LDOBDOKD_1081.00.01.0
LDOBDOKD_1091.00.01.0
LDOBDOKD_1151.00.01.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
LDOBDOKD_201053344710TrueSiphoviridaeVOG0703, VOG1637, VOG9997, VOG9888, VOG10608, VOG1335, VOG1334, VOG1333, VOG4634, VOG0704, VOG1330, VOG4713, VOG1887, VOG3434, VOG10914, VOG4564, VOG7038, VOG0720, VOG1517, VOG0638, VOG0198, VOG6436, VOG10148, VOG0195, VOG0275, VOG2797, VOG0275, VOG5562, VOG5998, VOG0536, VOG0586, VOG5317, VOG5280, VOG5814, VOG9667
LDOBDOKD_23948037880FalseSiphoviridaeVOG4856, VOG3462, VOG0801, VOG4545, VOG4586, VOG0207, VOG9583, VOG0205, VOG0204, VOG4553, VOG4573, VOG4556, VOG0202, VOG1886, VOG4581, VOG4841, VOG8681, VOG0198, VOG7235, VOG0536, VOG0221, VOG3468, VOG0025, VOG4799, VOG0514, VOG6545, VOG0322, VOG0535, VOG9454
LDOBDOKD_385793179087FalseMyoviridae / SiphoviridaeVOG4763, VOG5534, VOG6940, VOG4705, VOG4334, VOG10223, VOG7629, VOG6036, VOG6941, VOG6246, VOG6524, VOG6031, VOG5721, VOG4544, VOG5722, VOG0105, VOG0094
LDOBDOKD_1152138129265FalseSiphoviridaeVOG9667, VOG0831, VOG7894, VOG8353, VOG7006, VOG4632, VOG4606, VOG7593, VOG0198, VOG0866

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements