Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0011.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
EHIAAAJF_681803718231CspA5.96e-29cold shock protein84.6198.48CAA62903

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
EHIAAAJF_243415735138repUS67987 / 103989.46CP006012

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
EHIAAAJF_10.01.00.0
EHIAAAJF_21.00.01.0
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EHIAAAJF_161.00.01.0
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EHIAAAJF_1510.01.00.0
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EHIAAAJF_1800.01.00.0
EHIAAAJF_1810.01.00.0
EHIAAAJF_1821.00.01.0
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EHIAAAJF_1850.01.00.0
EHIAAAJF_1860.01.00.0
EHIAAAJF_1870.01.00.0
EHIAAAJF_1881.00.01.0
EHIAAAJF_1891.00.01.0
EHIAAAJF_1901.00.01.0
EHIAAAJF_1910.01.00.0
EHIAAAJF_1920.01.00.0
EHIAAAJF_1930.01.00.0
EHIAAAJF_1941.00.01.0
EHIAAAJF_1950.01.00.0
EHIAAAJF_1961.00.01.0
EHIAAAJF_1970.01.00.0
EHIAAAJF_1980.01.00.0
EHIAAAJF_1991.00.01.0
EHIAAAJF_2001.00.01.0
EHIAAAJF_2011.00.01.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
EHIAAAJF_1354611083FalseSiphoviridaeVOG4602, VOG8520, VOG2124, VOG1564, VOG9469, VOG0707, VOG3478, VOG5692, VOG4955, VOG0226, VOG0514, VOG4799
EHIAAAJF_13395061462FalseSiphoviridaeVOG0866, VOG4841, VOG4581, VOG4544, VOG1345, VOG4556, VOG4573, VOG4553, VOG0204, VOG0205, VOG0207, VOG4586, VOG0209, VOG0660, VOG4545, VOG0801, VOG3462, VOG5560, VOG8438, VOG1505, VOG4705, VOG3561, VOG1637, VOG0703, VOG4824
EHIAAAJF_132802954306FalseSiphoviridaeVOG8294, VOG0703, VOG8917, VOG0648, VOG9888, VOG10608, VOG1335, VOG6163, VOG1334, VOG1333, VOG4634, VOG0704, VOG1900, VOG1330, VOG4713, VOG1887, VOG3434, VOG4555, VOG4564, VOG7038, VOG0720, VOG4544
EHIAAAJF_243806645995FalseUnknownVOG5722, VOG4544, VOG5721, VOG6031, VOG6524, VOG6246
EHIAAAJF_351591847107FalseSiphoviridaeVOG9667, VOG0275, VOG7188, VOG0918, VOG4615, VOG0703, VOG8917, VOG2021, VOG4705, VOG1505, VOG4856, VOG4904, VOG3463, VOG4619, VOG0801, VOG4545, VOG0701, VOG9763, VOG0698, VOG0697, VOG0696, VOG0695, VOG4572, VOG4555, VOG0692, VOG0691, VOG5821, VOG4544
EHIAAAJF_117299928430FalseSiphoviridaeVOG10593, VOG2621, VOG4687, VOG4910, VOG4633, VOG4545, VOG0800, VOG0725, VOG0799, VOG0724, VOG5660, VOG0723, VOG4713, VOG1319, VOG4555, VOG7533, VOG4564, VOG0720, VOG10227, VOG0796, VOG0198, VOG3307, VOG6995, VOG7043, VOG1183, VOG6495, VOG0327, VOG4609
EHIAAAJF_1258353790916FalseUnknownVOG0275, VOG3361, VOG0862, VOG8520, VOG8520, VOG1564, VOG9469, VOG4552, VOG8426, VOG2228

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements