Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
9009.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
CDCLAIEN_5475058710Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.50100.00AF251288.1
CDCLAIEN_12852906072ErmFARO:3000498ErmF98.4197.74M17124.1
CDCLAIEN_12830594984tet(Q)ARO:3000191tet(Q)89.0897.56Z21523.1
CDCLAIEN_12031583tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.9680.21Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
CDCLAIEN_5688429708ant(6)-IaStreptomycin100.00100.00KF864551
CDCLAIEN_12011583tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.8182.19L33696
CDCLAIEN_12852716072erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.38100.00M17808
CDCLAIEN_4221529416511mef(A)Erythromycin, Azithromycin95.07100.00AF227520

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
CDCLAIEN_5679158688aad9ANT(9) family aminoglycoside nucleotidyltransferaseEXACTX100.00100.00WP_002578722.1
CDCLAIEN_5688429705aadEaminoglycoside 6-adenylyltransferase AadEEXACTX100.00100.00WP_001255868.1
CDCLAIEN_5487359244lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
CDCLAIEN_12031583tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.6282.22WP_063856407.1
CDCLAIEN_5475058707mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.50100.00WP_063853729.1
CDCLAIEN_12853176072erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)BLASTX98.8194.74WP_002682030.1
CDCLAIEN_3372451084estTmacrolide hydrolase EstTBLASTX98.58100.00WP_185148407.1
CDCLAIEN_4221529416514mef(A)macrolide efflux MFS transporter Mef(A)INTERNAL_STOP98.5399.75WP_012102963.1
CDCLAIEN_12830624984tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX89.55100.00WP_063856407.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
CDCLAIEN_23218382517repUS2682 / 68198.53BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements