Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
8118.12

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
NNPBIGPL_300366547367752Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.50100.00AF251288.1
NNPBIGPL_2401913021055tet(Q)ARO:3000191tet(Q)89.0897.56Z21523.1
NNPBIGPL_2231073711537ErmFARO:3000498ErmF97.37100.00M17124.1
NNPBIGPL_2236742599tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.2697.56Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
NNPBIGPL_2236386264728ant(6)-IaStreptomycin100.00100.00KF864551
NNPBIGPL_2236742599tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.79100.00L33696
NNPBIGPL_2231073711537erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.13100.00M17808

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
NNPBIGPL_2236488265655aad9ANT(9) family aminoglycoside nucleotidyltransferaseEXACTX100.00100.00WP_002578722.1
NNPBIGPL_2236386564728aadEaminoglycoside 6-adenylyltransferase AadEEXACTX100.00100.00WP_001255868.1
NNPBIGPL_300367777368286lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
NNPBIGPL_300366547367749mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.50100.00WP_063853729.1
NNPBIGPL_2236772599tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.38100.00WP_063856407.1
NNPBIGPL_2231175012589estTmacrolide hydrolase EstTBLASTX98.58100.00WP_185148407.1
NNPBIGPL_2231073711534erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)BLASTX97.74100.00WP_002682030.1
NNPBIGPL_2401913321055tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX89.55100.00WP_063856407.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
NNPBIGPL_5111415cka0.0Colicin KExotoxin99.5885.91CAA61099

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
NNPBIGPL_1355200653586GroEL0.0folding of newly synthesized proteins, preventing misfolding and aggregation80.6496.70BAA04222

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
NNPBIGPL_2883391018repUS2682 / 68199.27BFU30316
NNPBIGPL_87253384ColRNAI133 / 13089.47DQ298019

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
NNPBIGPL_2341182722273FalseUnknownVOG0979,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements