Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4004.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
LGALIMHA_2542425626172tet(Q)ARO:3000191tet(Q)94.3697.11Z21523.1
LGALIMHA_2542237723513tet(X)ARO:3000205tet(X)99.7497.42M37699.1
LGALIMHA_2542136422164ErmFARO:3000498ErmF99.62100.00M17124.1
LGALIMHA_6030863976CblA-1ARO:3002999CblA-1100.00100.00GQ343019.1
LGALIMHA_5121300tet(Q)ARO:3000191tet(Q)89.1565.91Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
LGALIMHA_2542136422164erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S100.00100.00M17808
LGALIMHA_2542237723543tet(X)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline, Tigecycline99.91100.00M37699
LGALIMHA_2542425626174tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline96.5699.64L33696

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
LGALIMHA_6030893976cblACblA family class A beta-lactamaseEXACTX100.00100.00WP_005827792.1
LGALIMHA_2542136422161erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)EXACTX100.00100.00WP_002682030.1
LGALIMHA_2542238023543tet(X2)tetracycline-inactivating monooxygenase Tet(X2)BLASTX99.74100.00WP_008651082.1
LGALIMHA_2542425926172tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX96.0899.53WP_063856407.1
LGALIMHA_5121300tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)PARTIAL_CONTIG_ENDX90.0767.55WP_063856407.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
LGALIMHA_14717882467repUS2682 / 68199.27BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements