Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
5005.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
PNBPPIAC_585919454aadSARO:3004683aadS100.00100.00M72415.1
PNBPPIAC_572798415tet(X)ARO:3000205tet(X)99.4797.42M37699.1
PNBPPIAC_559417080tet(X1)ARO:3005166tet(X1)99.72105.57AJ311171.1
PNBPPIAC_548355635ErmFARO:3000498ErmF97.74100.00M17124.1
PNBPPIAC_1527762506tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.5387.82Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
PNBPPIAC_548355635erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.88100.00M62487
PNBPPIAC_572498415tet(X)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline, Tigecycline99.83100.00M37699
PNBPPIAC_1528242506tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline98.8787.38X58717

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
PNBPPIAC_585919451aadSaminoglycoside 6-adenylyltransferase AadSEXACTX100.00100.00WP_003013318.1
PNBPPIAC_572498412tet(X2)tetracycline-inactivating monooxygenase Tet(X2)EXACTX100.00100.00WP_008651082.1
PNBPPIAC_559417077tet(X1)tetracycline-inactivating monooxygenase Tet(X1)BLASTX99.74100.00WP_204376222.1
PNBPPIAC_548385635erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)BLASTX99.62100.00WP_063844771.1
PNBPPIAC_1528242506tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.1187.52WP_004293868.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
PNBPPIAC_2103622240997FalseSiphoviridaeVOG4556,
PNBPPIAC_212130397141108FalseUnknownVOG0083,
PNBPPIAC_2183602942828FalseUnknownVOG4573,
PNBPPIAC_2621182315775FalseUnknownVOG8909,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements