Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
5005.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
MMFFGJPD_301035412279tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.4197.56Z21523.1
MMFFGJPD_4322522986ErmGARO:3000522ErmG99.18100.00L42817.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
MMFFGJPD_301035412279tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.84100.00L33696
MMFFGJPD_4322522986erm(G)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.32100.00M15332
MMFFGJPD_4337585221msr(D)Erythromycin, Azithromycin, Telithromycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S97.54100.00AF274302
MMFFGJPD_4353476561mef(A)Erythromycin, Azithromycin94.2499.75AF227520
MMFFGJPD_12010431794cfxA6Unknown Beta-lactam86.4575.40GQ342996

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
MMFFGJPD_4322552986erm(G)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(G)BLASTX99.59100.00WP_063844791.1
MMFFGJPD_301035712279tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.53100.00WP_063856407.1
MMFFGJPD_4337615221msr(D)ABC-F type ribosomal protection protein Msr(D)BLASTX97.13100.00WP_000420313.1
MMFFGJPD_4353386561mef(A)macrolide efflux MFS transporter Mef(A)BLASTX96.57100.00WP_012102963.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
MMFFGJPD_18215312210repUS2682 / 68198.53BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
MMFFGJPD_2851738524870FalseSiphoviridaeVOG0204,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements