Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
2012.24

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
EFLHGBCO_3265847560400tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.4197.56Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
EFLHGBCO_3265847560400tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.84100.00L33696
EFLHGBCO_11212042154cfxA5Unknown Beta-lactam86.0198.34AY769934

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
EFLHGBCO_3265847560397tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.53100.00WP_063856407.1
EFLHGBCO_11212032156cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamaseBLASTX83.3399.07WP_004339683.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
EFLHGBCO_3592747029050GroEL0.0folding of newly synthesized proteins, preventing misfolding and aggregation86.9196.70BAA04222

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
EFLHGBCO_10.01.00.0
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EFLHGBCO_71.00.01.0
EFLHGBCO_80.01.00.0
EFLHGBCO_90.01.00.0
EFLHGBCO_101.00.01.0
EFLHGBCO_110.01.00.0
EFLHGBCO_120.01.00.0
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EFLHGBCO_141.00.01.0
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EFLHGBCO_161.00.01.0
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EFLHGBCO_180.01.00.0
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EFLHGBCO_200.01.00.0
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EFLHGBCO_830.01.00.0
EFLHGBCO_841.00.01.0
EFLHGBCO_850.01.00.0
EFLHGBCO_861.00.01.0
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EFLHGBCO_3791.00.01.0
EFLHGBCO_3800.01.00.0
EFLHGBCO_3810.01.00.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
EFLHGBCO_3598832993223FalseSiphoviridaeVOG2703,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements