Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
2012.24

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
NOFNCALP_401118913114tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.4197.56Z21523.1
NOFNCALP_2075221256ErmGARO:3000522ErmG98.77100.00L42817.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
NOFNCALP_401118913114tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.84100.00L33696
NOFNCALP_2075221256erm(G)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.18100.00M15332

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
NOFNCALP_401119213114tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.53100.00WP_063856407.1
NOFNCALP_2075251256erm(G)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(G)BLASTX99.18100.00WP_063844791.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
NOFNCALP_314118783117203GroEL0.0folding of newly synthesized proteins, preventing misfolding and aggregation86.9196.70BAA04222

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
NOFNCALP_22784763repUS2682 / 68199.27BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
NOFNCALP_11.00.01.0
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NOFNCALP_61.00.01.0
NOFNCALP_81.00.01.0
NOFNCALP_91.00.01.0
NOFNCALP_101.00.01.0
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NOFNCALP_3330.01.00.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
NOFNCALP_255113663127906FalseUnknownVOG4572,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements