Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
5005.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
ABFKIMLF_3779168806CblA-1ARO:3002999CblA-198.99100.00GQ343019.1
ABFKIMLF_1031362109tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.35100.00Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
ABFKIMLF_1031842109tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.84100.00L33696
ABFKIMLF_4041594erm(B)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.8380.49U18931
ABFKIMLF_410551518msr(D)Erythromycin, Azithromycin, Telithromycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S97.54100.00AF274302
ABFKIMLF_41016442796mef(A)Erythromycin, Azithromycin94.0294.66AF227520

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
ABFKIMLF_1031842106tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.53100.00WP_063856407.1
ABFKIMLF_4042592erm(B)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(B)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.4980.41WP_002292226.1
ABFKIMLF_3779168803cblACblA family class A beta-lactamaseBLASTX98.99100.00WP_005827792.1
ABFKIMLF_410581518msr(D)ABC-F type ribosomal protection protein Msr(D)BLASTX97.13100.00WP_000420313.1
ABFKIMLF_41016352816mef(A)macrolide efflux MFS transporter Mef(A)BLASTX95.1896.57WP_012102963.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
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ABFKIMLF_1881714729492TrueSiphoviridaeVOG10746,
ABFKIMLF_4444886059263FalseUnknownVOG3992,
ABFKIMLF_5523583247053FalseSiphoviridaeVOG0749,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements