Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0303344.60

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
GGGOCPLL_1154191258cbpD0.0AutolysinExoenzyme100.00100.00WP_011226733
GGGOCPLL_773135131944STR_RS058800.0CapsuleImmune modulation100.00100.00WP_011226149
GGGOCPLL_14460327816STU_RS162300.0CapsuleImmune modulation99.94100.00WP_011226325
GGGOCPLL_773135131944STER_RS060300.0CapsuleImmune modulation99.83100.00WP_011226149
GGGOCPLL_773135131944STU_RS152600.0CapsuleImmune modulation99.83100.00WP_011226149
GGGOCPLL_14420062962STU_RS162500.0CapsuleImmune modulation99.79100.00WP_011226328
GGGOCPLL_14429463755STU_RS162450.0CapsuleImmune modulation99.75100.00WP_002948020
GGGOCPLL_292281886fbp540.0FBPsAdherence99.64100.00WP_011227179
GGGOCPLL_2770277743STER_RS070850.0CapsuleImmune modulation99.58100.00WP_011681442
GGGOCPLL_14437554960STU_RS162400.0CapsuleImmune modulation99.58100.00WP_011226326
GGGOCPLL_1448612009STU_RS162550.0CapsuleImmune modulation99.56100.00WP_041828290
GGGOCPLL_14449806035STU_RS162350.0CapsuleImmune modulation99.53100.00WP_002948022
GGGOCPLL_61705STU_RS14625*0.0CapsuleImmune modulation99.4370.71-
GGGOCPLL_14341795030rfbD0.0CapsuleImmune modulation99.41100.00WP_014621820
GGGOCPLL_773048231351rfbA0.0CapsuleImmune modulation99.31100.00WP_011681286
GGGOCPLL_3838104391STER_RS053150.0CapsuleImmune modulation99.3179.51WP_011681176
GGGOCPLL_1441752STU_RS162600.0CapsuleImmune modulation99.2074.38WP_011226330
GGGOCPLL_750425773STU_RS146450.0CapsuleImmune modulation98.63100.00WP_011226048
GGGOCPLL_3838104391STR_RS052600.0CapsuleImmune modulation98.6279.51WP_011227248
GGGOCPLL_1371881319606cshA0.0Cell surface hydrophobicity proteinsAdherence98.49100.25-
GGGOCPLL_735914331STER_RS053050.0CapsuleImmune modulation98.38100.00WP_011681174
GGGOCPLL_5827114126STER_RS052500.0CapsuleImmune modulation98.23100.00WP_011681165
GGGOCPLL_5411298STER_RS053200.0CapsuleImmune modulation98.0088.84WP_011681177
GGGOCPLL_735914331STU_RS146350.0CapsuleImmune modulation97.98100.00WP_011226046
GGGOCPLL_743415033STU_RS146400.0CapsuleImmune modulation97.83100.00WP_011226047
GGGOCPLL_743415033STR_RS052550.0CapsuleImmune modulation97.69100.00WP_011227247
GGGOCPLL_735964331STR_RS052500.0CapsuleImmune modulation97.5598.13WP_011227246
GGGOCPLL_14361337407STU_RS162650.0CapsuleImmune modulation97.33100.00WP_011226331
GGGOCPLL_5411298STR_RS052650.0CapsuleImmune modulation97.0789.00WP_041827043
GGGOCPLL_5411298STU_RS146500.0CapsuleImmune modulation97.0089.00WP_011226049
GGGOCPLL_78802212917SAG_RS091050.0Agglutinin receptorAdherence96.92100.00WP_000167699
GGGOCPLL_389342301STU_RS146300.0CapsuleImmune modulation96.34100.00WP_011226045
GGGOCPLL_78802212965SSU98_09780.0Agglutinin receptorAdherence95.7599.82YP_001200536
GGGOCPLL_78802212965SSU05_09650.0Agglutinin receptorAdherence95.7399.82YP_001198331
GGGOCPLL_69382301STER_RS053000.0CapsuleImmune modulation95.2399.71WP_011681173
GGGOCPLL_2759116681STER_RS070750.0CapsuleImmune modulation93.7899.10WP_011681440
GGGOCPLL_743415033STER_RS053100.0CapsuleImmune modulation91.05100.00WP_011681175
GGGOCPLL_1201393015233eno0.0Streptococcal enolaseExoenzyme88.1799.54WP_000022832
GGGOCPLL_773237333419rfbB0.0CapsuleImmune modulation80.52100.00WP_009659423
GGGOCPLL_753125832541tig/ropA0.0Trigger factorStress survival80.5099.77WP_000107753
GGGOCPLL_13613621945SPD_RS017752.02e-154CapsuleImmune modulation83.5996.20WP_001819836

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
GGGOCPLL_78129388025B9H01_RS047650.0glucan-binding protein96.2899.70AUS90958
GGGOCPLL_1052172020737ldh(Sp_1220)0.0L-lactate dehydrogenase94.82100.00AAK75326
GGGOCPLL_621404412971MntE0.0manganese homeostasis94.4199.72ABF32167
GGGOCPLL_14742041901pfl2(Sp_0459)0.0formate acetyltransferase93.1099.22AAK74619
GGGOCPLL_131622408metE0.0methionine biosynthesis enzymes91.99100.00AAK74738
GGGOCPLL_1031987989recA0.0DNA recombination and repair90.6985.82AAL00560
GGGOCPLL_1091655684prsA20.0ribose-phosphate pyrophosphokinase90.12100.00ABF36968
GGGOCPLL_841923518084potA0.0ABC transporter ATP-binding protein-spermidine/putrescine transport89.3299.74AAL00050
GGGOCPLL_1269162spr00840.0pathogenitcity related89.1892.99AAK98888
GGGOCPLL_861364148uvrB0.0excinuclease ABC, B subunit88.99100.00AE014259_2
GGGOCPLL_77933111061ptsI0.0phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase87.69100.00AAK34199
GGGOCPLL_722794026462IMPDH0.0inosine-5'-monophosphate dehydrogenase87.63100.00ADE32434
GGGOCPLL_1201523313932Eno0.0enolase86.2199.77ABP90468
GGGOCPLL_721271610824gidA0.0tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme86.0598.90ABP91129
GGGOCPLL_1353333624PGM0.0phosphoglucomutase83.8999.65ACH87041
GGGOCPLL_8389399949pdh0.0pyruvate dehydrogenase83.0999.70ABP91006
GGGOCPLL_7954926748mnmE0.0central tRNA-modifying GTPase80.5291.90ABP90420
GGGOCPLL_731706415172PepO0.0endopeptidase80.19100.00ABF32980
GGGOCPLL_1202966528775bglB9.72e-180putative phospho--glucosidase88.5599.66AAK33487
GGGOCPLL_701228290SP_06765.95e-170transcription facot81.4797.20AAK74821
GGGOCPLL_1326003457metF5.11e-167methionine biosynthesis enzymes86.3699.31AAK74739
GGGOCPLL_2069887692covR7.45e-133responder protein85.11100.00AAK71319
GGGOCPLL_981442615097rr015.71e-126response regulator83.9399.56CAB54566
GGGOCPLL_2069887692walR3.73e-123DNA-binding response regulator81.28100.00ANC99504
GGGOCPLL_1392879955CiaR1.40e-121two-component response regulator85.2099.55AAK74935
GGGOCPLL_2325351849CovR9.87e-120serves to repress GAS virulence factor-encoding genes80.79100.00ACE75886
GGGOCPLL_1392879958ciaR1.24e-119two component system response regulator83.0499.12AIK75708
GGGOCPLL_103713339SpxA21.16e-71transcriptional regulator91.2094.70ERL21461
GGGOCPLL_1391069310292SpxA13.21e-68transcriptional regulator80.60100.00ERL19273
GGGOCPLL_1192554225255spr04792.96e-49essential gene86.4698.97AAK99283
GGGOCPLL_12898869632spr13272.00e-46essential gene95.29100.00AAL00131
GGGOCPLL_1242005319790spr01751.09e-42pathogenitcity related84.09100.00AAK98979
GGGOCPLL_1241925018960spr01776.40e-38essential gene81.0098.02AAK98981
GGGOCPLL_753110030600RopE (M5005_Spy_1611)9.10e-77probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta81.4487.43AAK34603
GGGOCPLL_14742041907PFL (B9H01_RS01125)0.0formate C-acetyltransferase83.0798.08MYN69560
GGGOCPLL_7326101591ilvC (SPD_0406)0.0ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))96.47100.00ABJ55451
GGGOCPLL_3410103SPD_03100.0UPF0371 protein SPD_031094.0568.02ABJ54480

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
GGGOCPLL_10.01.00.0
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GGGOCPLL_1480.01.00.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements