Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4014.12

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
NNFDHMCK_35036925611tet(M)ARO:3000186tet(M)93.27100.00AB039845.1
NNFDHMCK_3229313794ANT(6)-IaARO:3002626ANT(6)-Ia100.00100.00KF648874.1
NNFDHMCK_35021223498tet(L)ARO:3000179tet(L)98.69100.00M11036.1
NNFDHMCK_18882576lnuCARO:3002837lnuC98.17100.00AY928180.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
NNFDHMCK_3229313794ant(6)-IaStreptomycin100.00100.00KF421157
NNFDHMCK_35021223497tet(L)Doxycycline, Tetracycline, Doxycycline, Tetracycline, Minocycline, Tigecycline99.7199.93AY081910
NNFDHMCK_18882576lnu(C)Lincomycin98.99100.00AY928180
NNFDHMCK_35036925611tet(M)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline96.93100.00FR671418

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
NNFDHMCK_3229343794ant(6)-Iaaminoglycoside nucleotidyltransferase ANT(6)-IaEXACTX100.00100.00WP_002294505.1
NNFDHMCK_35021253498tet(L)tetracycline efflux MFS transporter Tet(L)BLASTX99.13100.00WP_002294500.1
NNFDHMCK_18885576lnu(C)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(C)BLASTX98.17100.00WP_063851341.1
NNFDHMCK_35036955611tet(M)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M)BLASTX98.12100.00WP_063856394.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
NNFDHMCK_33383497642WalR6.45e-117transcriptional regulatory protein85.59100.43EPH95667

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
NNFDHMCK_11.00.01.0
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NNFDHMCK_90.01.00.0
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NNFDHMCK_110.01.00.0
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
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NNFDHMCK_374373128983FalseSiphoviridaeVOG4632, VOG4609, VOG0327, VOG0198, VOG7887, VOG8681, VOG4841, VOG4581, VOG1886, VOG0202, VOG4556, VOG4573, VOG4553, VOG0204, VOG0205, VOG9583, VOG0207, VOG4586, VOG4545, VOG0801, VOG3462, VOG0643

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements