Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4004.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
HMJDCLFH_114903949929CblA-1ARO:3002999CblA-199.32100.00GQ343019.1
HMJDCLFH_1449136886tet(Q)ARO:3000191tet(Q)100.00100.00Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
HMJDCLFH_1449136838tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline100.00100.00Z21523

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
HMJDCLFH_9718302339lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
HMJDCLFH_1449166838tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)EXACTX100.00100.00WP_002560998.1
HMJDCLFH_114903949926cblACblA family class A beta-lactamaseBLASTX99.32100.00WP_005827792.1
HMJDCLFH_9723673242mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)PARTIAL_CONTIG_ENDX99.3272.82WP_063853729.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
HMJDCLFH_107171850repUS2682 / 68198.53BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements