Probiotic potential risk score
| ARGs | VFs | PGs | PPRS |
|---|---|---|---|
| 2 | 0 | 1 | 2.24 |
PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).
Antibiotic resistance genes
Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)
| Query ID | Begin | End | ARO name | ARO accession | CARD name | Identity | Coverage | Accession no. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| APJODBFH_1 | 253337 | 254302 | CfxA2 | ARO:3003002 | CfxA2 | 100.00 | 100.00 | AF118110.1 |
| APJODBFH_45 | 7700 | 9625 | tet(Q) | ARO:3000191 | tet(Q) | 96.41 | 97.56 | Z21523.1 |
RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)
ResFinder
| Query ID | Begin | End | Resistance gene | Phenotype | Identity | Coverage | Accession no. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| APJODBFH_1 | 253337 | 254302 | cfxA3 | Ampicillin | 99.90 | 100.00 | AF472622 |
| APJODBFH_1 | 253337 | 254302 | cfxA4 | Unknown Beta-lactam | 99.90 | 100.00 | AY769933 |
| APJODBFH_1 | 253337 | 254302 | cfxA5 | Unknown Beta-lactam | 99.90 | 100.00 | AY769934 |
| APJODBFH_1 | 253337 | 254302 | cfxA | Cefoxitin, Ampicillin | 99.90 | 100.00 | U38243 |
| APJODBFH_45 | 7700 | 9625 | tet(Q) | Doxycycline, Tetracycline, Minocycline | 99.84 | 100.00 | L33696 |
ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)
AMRFinderPlus
| Query ID | Begin | End | Gene symbol | Sequence name | Method | Identity | Coverage | Accession no. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| APJODBFH_1 | 253337 | 254299 | cfxA | CfxA family broad-spectrum class A beta-lactamase | EXACTX | 100.00 | 100.00 | WP_004339683.1 |
| APJODBFH_45 | 7703 | 9625 | tet(Q) | tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q) | BLASTX | 99.53 | 100.00 | WP_063856407.1 |
AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)
Virulence factors
Virulence Factor Database (VFDB)
| Query ID | qstart | qend | Gene name | e-value | VF name | VF category | Identity | Coverage | Accession no. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No hit found | |||||||||
BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)
VirulenceFinder
| Query ID | Begin | End | Database | Virulence factor | Protein function | Identity | Coverage | Accession no. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| No hit found | ||||||||
VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)
Pathogenic genes
PHI-base
| Query ID | qstart | qend | Gene name | e-value | Function | Identity | Coverage | Gene ID |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| APJODBFH_36 | 61435 | 63015 | GroEL | 0.0 | folding of newly synthesized proteins, preventing misfolding and aggregation | 86.91 | 96.70 | BAA04222 |
BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)
Plasmid
PlasmidFinder
| Query ID | Begin | End | Plasmid | Query / Template | Identity | Accession no. |
|---|---|---|---|---|---|---|
| No hit found | ||||||
PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)
PlasmidHunter
| Query ID | Prediction | Chromosome | Plasmid |
|---|---|---|---|
| APJODBFH_1 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_2 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_13 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_24 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_27 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_28 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_29 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_30 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_31 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_32 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_33 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_34 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_35 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_36 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_37 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_38 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_39 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_40 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_41 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_42 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_43 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_44 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_45 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_46 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_47 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_48 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_49 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_50 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_51 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_52 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_53 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_54 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_55 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_56 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_57 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_58 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_59 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_60 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_61 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_62 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_63 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_64 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_65 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_66 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_67 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_68 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_69 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_71 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_72 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_73 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_74 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_75 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_76 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_78 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_79 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_80 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_81 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_82 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_83 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_84 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_85 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_86 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_87 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_88 | 1.0 | 0.0 | 1.0 |
| APJODBFH_89 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_100 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
| APJODBFH_111 | 0.0 | 1.0 | 0.0 |
PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)
Prophage
Phigaro
| Query ID | Begin | End | Transposable | Taxonomy | pVOGs |
|---|---|---|---|---|---|
| APJODBFH_49 | 18529 | 32781 | False | Unknown | VOG4572, |
| APJODBFH_56 | 189425 | 193498 | False | Unknown | VOG2788, |
| APJODBFH_56 | 195998 | 200026 | False | Unknown | VOG0572, |
| APJODBFH_78 | 92432 | 105565 | False | Myoviridae | VOG1837, |
Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)