Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4004.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
BEIOKNAF_378242583630Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.50100.00AF251288.1
BEIOKNAF_53260433494CblA-1ARO:3002999CblA-196.28100.00GQ343019.1
BEIOKNAF_2118633788tet(Q)ARO:3000191tet(Q)98.9197.56Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
BEIOKNAF_2118633788tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.17100.00Z21523

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
BEIOKNAF_378365584164lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
BEIOKNAF_378242583627mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.50100.00WP_063853729.1
BEIOKNAF_2118633785tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX98.91100.00WP_002560998.1
BEIOKNAF_53260433491cblACblA family class A beta-lactamaseBLASTX96.28100.00WP_005827792.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
BEIOKNAF_5321932804repUS2613 / 68198.53BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
BEIOKNAF_50.01.00.0
BEIOKNAF_60.01.00.0
BEIOKNAF_70.01.00.0
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BEIOKNAF_90.01.00.0
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BEIOKNAF_681.00.01.0
BEIOKNAF_690.01.00.0
BEIOKNAF_701.00.01.0
BEIOKNAF_710.01.00.0
BEIOKNAF_800.01.00.0
BEIOKNAF_900.01.00.0
BEIOKNAF_980.01.00.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
BEIOKNAF_15127612134020FalseSiphoviridaeVOG1837,
BEIOKNAF_802734533940FalseSiphoviridaeVOG0094,
BEIOKNAF_987642987709FalseSiphoviridaeVOG3992,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements