Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
7017.07

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
IBOKIFGG_26786119576CfxA2ARO:3003002CfxA2100.00100.00AF118110.1
IBOKIFGG_525112484tet(Q)ARO:3000191tet(Q)97.41100.00Z21523.1
IBOKIFGG_384471652Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.50100.00AF251288.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
IBOKIFGG_26786119576cfxA3Ampicillin99.90100.00AF472622
IBOKIFGG_26786119576cfxA4Unknown Beta-lactam99.90100.00AY769933
IBOKIFGG_26786119576cfxA5Unknown Beta-lactam99.90100.00AY769934
IBOKIFGG_26786119576cfxACefoxitin, Ampicillin99.90100.00U38243
IBOKIFGG_88991455msr(D)Erythromycin, Azithromycin, Telithromycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S97.6492.69AF274302
IBOKIFGG_525592484tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline97.04100.00L33696
IBOKIFGG_8815812795mef(A)Erythromycin, Azithromycin94.4099.75AF227520

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
IBOKIFGG_26786119573cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamaseEXACTX100.00100.00WP_004339683.1
IBOKIFGG_3816772186lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
IBOKIFGG_384471649mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.50100.00WP_063853729.1
IBOKIFGG_8815722795mef(A)macrolide efflux MFS transporter Mef(A)BLASTX98.28100.00WP_012102963.1
IBOKIFGG_525592481tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX97.35100.00WP_002560998.1
IBOKIFGG_881001455msr(D)ABC-F type ribosomal protection protein Msr(D)BLASTX97.1292.81WP_000420313.1
IBOKIFGG_2662330024253cfxA5broad-spectrum class A beta-lactamase CfxA5BLASTX83.6599.07WP_032946415.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
IBOKIFGG_1193831236732GroEL0.0folding of newly synthesized proteins, preventing misfolding and aggregation80.6496.70BAA04222

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
IBOKIFGG_160820220193FalseUnknownVOG0572,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements