Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
3013.16

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
CPAIFJOA_2882371442Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.25100.00AF251288.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
CPAIFJOA_1180228972cfxA3Ampicillin86.0198.34AF472622
CPAIFJOA_1180228972cfxA4Unknown Beta-lactam86.0198.34AY769933
CPAIFJOA_1180228972cfxA5Unknown Beta-lactam86.0198.34AY769934
CPAIFJOA_1180228972cfxACefoxitin, Ampicillin86.0198.34U38243

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
CPAIFJOA_28814671976lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
CPAIFJOA_2882371439mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.25100.00WP_063853729.1
CPAIFJOA_1180218974cfxACfxA family broad-spectrum class A beta-lactamaseBLASTX83.6599.07WP_004339683.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
CPAIFJOA_21112169636GroEL0.0folding of newly synthesized proteins, preventing misfolding and aggregation80.6496.70BAA04222

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
CPAIFJOA_10.01.00.0
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CPAIFJOA_3870.01.00.0
CPAIFJOA_3881.00.01.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
CPAIFJOA_1283635438334FalseUnknownVOG0094,
CPAIFJOA_3261291126731FalseUnknownVOG0572,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements