Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4004.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
DEAPHNHP_2937695355tet(M)ARO:3000186tet(M)99.2482.79AB039845.1
DEAPHNHP_34512082008ErmFARO:3000498ErmF98.50100.00M17124.1
DEAPHNHP_1636951597cepAARO:3003559cepA99.33100.00U05883.1
DEAPHNHP_582352181tet(Q)ARO:3000191tet(Q)97.8198.63Z21523.1
DEAPHNHP_33011221tet(W)ARO:3000194tet(W)100.0063.69AJ222769.3

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
DEAPHNHP_2937695355tet(M)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.9482.66X75073
DEAPHNHP_1636951597cepA-29Unknown Beta-lactam99.78100.00U05884
DEAPHNHP_1636951597cepAUnknown Beta-lactam99.78100.00L13472
DEAPHNHP_34512082008erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.50100.00M17808
DEAPHNHP_582352147tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline98.7599.33L33696
DEAPHNHP_33011221tet(W)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline100.0063.59AJ427422

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
DEAPHNHP_2937695355tet(M)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M)PARTIAL_CONTIG_ENDX100.0082.79WP_000691727.1
DEAPHNHP_1636981597cepACepA family extended-spectrum class A beta-lactamaseBLASTX99.33100.00WP_005795628.1
DEAPHNHP_34512082005erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)BLASTX98.87100.00WP_002682030.1
DEAPHNHP_582352148tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX97.9699.53WP_063856407.1
DEAPHNHP_33011221tet(W)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(W)PARTIAL_CONTIG_ENDX100.0063.69WP_002586627.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
DEAPHNHP_43526463851repUS431206 / 120699.92CP003584

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
DEAPHNHP_10.01.00.0
DEAPHNHP_20.01.00.0
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DEAPHNHP_70.01.00.0
DEAPHNHP_80.01.00.0
DEAPHNHP_90.01.00.0
DEAPHNHP_101.00.01.0
DEAPHNHP_110.01.00.0
DEAPHNHP_120.01.00.0
DEAPHNHP_131.00.01.0
DEAPHNHP_140.01.00.0
DEAPHNHP_150.01.00.0
DEAPHNHP_160.01.00.0
DEAPHNHP_170.01.00.0
DEAPHNHP_180.01.00.0
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DEAPHNHP_220.01.00.0
DEAPHNHP_230.01.00.0
DEAPHNHP_240.01.00.0
DEAPHNHP_250.01.00.0
DEAPHNHP_261.00.01.0
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements