Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0022.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
INPGFEDI_1813264581327162WalR1.14e-113transcriptional regulatory protein84.25100.00EPH95667
INPGFEDI_51996872996678CspR4.89e-29cold shock protein84.6198.48AAO82613
INPGFEDI_51996872996675CspA7.50e-29cold shock protein84.85100.00CAA62903

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
INPGFEDI_18820907821842rep28936 / 936100.00CP005948
INPGFEDI_5110789641079838rep38876 / 90399.43CP005943
INPGFEDI_177598859repUS731101 / 110194.37CP002654

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
INPGFEDI_11.00.01.0
INPGFEDI_31.00.01.0
INPGFEDI_150.01.00.0
INPGFEDI_161.00.01.0
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INPGFEDI_180.01.00.0
INPGFEDI_191.00.01.0
INPGFEDI_201.00.01.0
INPGFEDI_211.00.01.0
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INPGFEDI_1021.00.01.0
INPGFEDI_1031.00.01.0
INPGFEDI_1041.00.01.0
INPGFEDI_1051.00.01.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
INPGFEDI_51441176471098FalseSiphoviridaeVOG6540, VOG9998, VOG8870, VOG10957, VOG4599, VOG4605, VOG5904, VOG0660, VOG0209, VOG4586, VOG0207, VOG0205, VOG0204, VOG4553, VOG4573, VOG4556, VOG0202, VOG1886, VOG4581, VOG4153, VOG4841, VOG0198, VOG9671, VOG0634, VOG3643, VOG0044, VOG4693, VOG11024, VOG0189, VOG4566, VOG0514
INPGFEDI_51761467770427FalseSiphoviridaeVOG4568, VOG4556, VOG2935, VOG4544, VOG4581, VOG0205, VOG6414

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements