Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0011.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
DCIAIMKD_19444674664CspR1.63e-29cold shock protein81.82100.00AAO82613
DCIAIMKD_19444674664CspA3.03e-29cold shock protein80.30100.00CAA62903

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
DCIAIMKD_10.01.00.0
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
DCIAIMKD_32793638383FalseSiphoviridaeVOG8520, VOG8520, VOG2228, VOG0535, VOG4548, VOG0322, VOG6545, VOG4632, VOG4609, VOG9126, VOG0198, VOG4841, VOG4581, VOG1886, VOG10142, VOG4556, VOG4568, VOG0204, VOG0205, VOG4317, VOG0207, VOG4586, VOG0209, VOG6163, VOG0801, VOG3462, VOG10223, VOG5361, VOG5361, VOG4856
DCIAIMKD_76837241074FalseSiphoviridaeVOG4615, VOG0703, VOG1637, VOG10223, VOG4856, VOG11081, VOG9997, VOG10972, VOG4760, VOG0801, VOG4545, VOG0209, VOG4586, VOG0207, VOG9583, VOG0205, VOG0204, VOG4553, VOG4573, VOG4556, VOG0202, VOG1886, VOG4581, VOG4841, VOG0198, VOG4657, VOG0536, VOG9667, VOG0189, VOG0226, VOG0186, VOG1309

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements