Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
7007.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
CGNAIPGD_101013411024CblA-1ARO:3002999CblA-199.66100.00GQ343019.1
CGNAIPGD_1208802046tet(X)ARO:3000205tet(X)99.74100.00M37699.1
CGNAIPGD_106881293Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.50100.00AF251288.1
CGNAIPGD_142292002tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.96100.00Z21523.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
CGNAIPGD_142291954tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.95100.00X58717
CGNAIPGD_1208802046tet(X)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline, Tigecycline99.91100.00M37699
CGNAIPGD_12022603059erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.8899.88M17808

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
CGNAIPGD_10613181827lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
CGNAIPGD_142321954tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.84100.00WP_004293868.1
CGNAIPGD_1208802043tet(X2)tetracycline-inactivating monooxygenase Tet(X2)BLASTX99.74100.00WP_008651082.1
CGNAIPGD_101013411021cblACblA family class A beta-lactamaseBLASTX99.66100.00WP_005827792.1
CGNAIPGD_106881290mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.50100.00WP_063853729.1
CGNAIPGD_12024783059erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)INTERNAL_STOP93.3072.93WP_002682030.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements