Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0213137.44

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
CGOFBKHF_5228363429STER_RS060300.0CapsuleImmune modulation100.00100.00WP_011226149
CGOFBKHF_9816522357rfbA0.0CapsuleImmune modulation100.0081.15WP_011681286
CGOFBKHF_26422863095STU_RS162450.0CapsuleImmune modulation99.88100.00WP_002948020
CGOFBKHF_5228363429STR_RS058800.0CapsuleImmune modulation99.83100.00WP_011226149
CGOFBKHF_5228363429STU_RS152600.0CapsuleImmune modulation99.66100.00WP_011226149
CGOFBKHF_774252083fbp540.0FBPsAdherence99.64100.00WP_011227179
CGOFBKHF_26443205375STU_RS162350.0CapsuleImmune modulation99.62100.00WP_002948022
CGOFBKHF_103108839STER_RS053150.0CapsuleImmune modulation99.32100.00WP_011681176
CGOFBKHF_26430954300STU_RS162400.0CapsuleImmune modulation99.25100.00WP_011226326
CGOFBKHF_2642011349STU_RS162550.0CapsuleImmune modulation99.22100.00WP_041828290
CGOFBKHF_26413462302STU_RS162500.0CapsuleImmune modulation99.16100.00WP_011226328
CGOFBKHF_2081987120839cbpD0.0AutolysinExoenzyme98.86100.00WP_082302295
CGOFBKHF_103108839STU_RS146450.0CapsuleImmune modulation98.77100.00WP_011226048
CGOFBKHF_103108839STR_RS052600.0CapsuleImmune modulation98.63100.00WP_011227248
CGOFBKHF_6610471840cshA0.0Cell surface hydrophobicity proteinsAdherence98.36100.25-
CGOFBKHF_1038402264STER_RS053200.0CapsuleImmune modulation98.2597.54WP_011681177
CGOFBKHF_2011264813499rfbD0.0CapsuleImmune modulation97.30100.00WP_014621820
CGOFBKHF_915371277STER_RS053050.0CapsuleImmune modulation97.03100.00WP_011681174
CGOFBKHF_911527STU_RS146400.0CapsuleImmune modulation96.9676.05WP_011226047
CGOFBKHF_915371277STU_RS146350.0CapsuleImmune modulation96.90100.00WP_011226046
CGOFBKHF_1038402264STU_RS146500.0CapsuleImmune modulation96.8497.73WP_011226049
CGOFBKHF_911527STR_RS052550.0CapsuleImmune modulation96.7776.05WP_011227247
CGOFBKHF_9113342494STU_RS146300.0CapsuleImmune modulation96.7384.80WP_011226045
CGOFBKHF_915371272STR_RS052500.0CapsuleImmune modulation96.4798.13WP_011227246
CGOFBKHF_1038402263STR_RS052650.0CapsuleImmune modulation96.0797.66WP_041827043
CGOFBKHF_9113342502STER_RS053000.0CapsuleImmune modulation94.8785.38WP_011681173
CGOFBKHF_911527STER_RS053100.0CapsuleImmune modulation91.0876.05WP_011681175
CGOFBKHF_1244491752eno0.0Streptococcal enolaseExoenzyme88.1099.46WP_000022832
CGOFBKHF_79511061plr/gapA0.0Streptococcal plasmin receptor/GAPDHAdherence87.4699.80WP_002986042
CGOFBKHF_2632055221835tig/ropA0.0Trigger factorStress survival80.7399.77WP_000107753
CGOFBKHF_5213612407rfbB0.0CapsuleImmune modulation80.61100.00WP_009659423
CGOFBKHF_13410681651SPD_RS017752.44e-146CapsuleImmune modulation82.7396.20WP_001819836
CGOFBKHF_26453726514STU_RS162300.0CapsuleImmune modulation99.5664.03WP_011226325
CGOFBKHF_1842864773srtA0.0Sortase AExoenzyme97.3464.04-

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
CGOFBKHF_181599616ldh(Sp_1220)0.0L-lactate dehydrogenase94.82100.00AAK75326
CGOFBKHF_14624083481MntE0.0manganese homeostasis94.4199.72ABF32167
CGOFBKHF_3519694272pfl2(Sp_0459)0.0formate acetyltransferase92.9799.22AAK74619
CGOFBKHF_21137574725spr00840.0pathogenitcity related92.5798.48AAK98888
CGOFBKHF_2741943945recA0.0DNA recombination and repair91.2985.82AAL00560
CGOFBKHF_19031061SPD_03100.0UPF0371 protein SPD_031090.9471.46ABJ54480
CGOFBKHF_901957prsA20.0ribose-phosphate pyrophosphokinase90.6098.46ABF36968
CGOFBKHF_241208610935potA0.0ABC transporter ATP-binding protein-spermidine/putrescine transport89.3299.74AAL00050
CGOFBKHF_22098788649ptsI0.0phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase89.0271.06AAK34199
CGOFBKHF_24364877377bglB0.0putative phospho--glucosidase88.8999.66AAK33487
CGOFBKHF_22827741296IMPDH0.0inosine-5'-monophosphate dehydrogenase87.63100.00ADE32434
CGOFBKHF_20111464uvrB0.0excinuclease ABC, B subunit87.3073.60AE014259_2
CGOFBKHF_1241752451Eno0.0enolase86.2199.77ABP90468
CGOFBKHF_6855773685gidA0.0tRNA uridine 5-carboxymethylaminomethyl modification enzyme85.7498.90ABP91129
CGOFBKHF_237722481PGM0.0phosphoglucomutase84.0699.65ACH87041
CGOFBKHF_22970738083pdh0.0pyruvate dehydrogenase83.0999.70ABP91006
CGOFBKHF_14411011mnmE0.0central tRNA-modifying GTPase81.8480.53ABP90420
CGOFBKHF_1181422484SP_06760.0transcription facot81.1597.20AAK74821
CGOFBKHF_571924517431PepO0.0endopeptidase80.5095.88ABF32980
CGOFBKHF_2335052648metF3.47e-171methionine biosynthesis enzymes86.0199.31AAK74739
CGOFBKHF_3631263830covR2.00e-136responder protein85.53100.00AAK71319
CGOFBKHF_2261610939rr011.45e-126response regulator83.9399.56CAB54566
CGOFBKHF_3631263830walR4.23e-126DNA-binding response regulator82.13100.00ANC99504
CGOFBKHF_21345514141CovR3.51e-120serves to repress GAS virulence factor-encoding genes81.22100.00ACE75886
CGOFBKHF_274669295SpxA21.40e-71transcriptional regulator91.2094.70ERL21461
CGOFBKHF_9215721171SpxA14.25e-70transcriptional regulator80.60100.00ERL19273
CGOFBKHF_17918611574spr04791.08e-49essential gene86.4698.97AAK99283
CGOFBKHF_4327572503spr13275.85e-47essential gene95.29100.00AAL00131
CGOFBKHF_15758845621spr01755.59e-43pathogenitcity related84.09100.00AAK98979
CGOFBKHF_15750574791spr01771.22e-34essential gene84.2788.12AAK98981
CGOFBKHF_2632039419894RopE (M5005_Spy_1611)2.14e-76probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta80.8487.43AAK34603
CGOFBKHF_3519694266PFL (B9H01_RS01125)0.0formate C-acetyltransferase82.9498.08MYN69560
CGOFBKHF_5748643845ilvC (SPD_0406)0.0ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))96.47100.00ABJ55451
CGOFBKHF_1323434CiaR5.87e-79two-component response regulator82.6464.29AAK74935
CGOFBKHF_1323437ciaR1.19e-76two component system response regulator80.0064.16AIK75708

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
CGOFBKHF_10.01.00.0
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements