Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
4004.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
PBIKMNCH_2222266323400ErmBARO:3000375ErmB97.9698.79AF242872.1
PBIKMNCH_177892410144tet(40)ARO:3000567tet(40)97.29100.00AM419751.1
PBIKMNCH_17768648783tet(O)ARO:3000190tet(O)97.50100.00M18896.2

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
PBIKMNCH_2222376525015cfr(C)Chloramphenicol, Florfenicol, Clindamycin, Lincomycin, Linezolid, Dalfopristin, Pristinamycin IIA, Virginiamycin M, Tiamulin100.00100.00CANB01000378
PBIKMNCH_2222266323400erm(B)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.86100.00JN899585
PBIKMNCH_177892410144tet(40)Doxycycline, Tetracycline99.34100.00FJ158002
PBIKMNCH_17768648783tet(O)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.27100.00Y07780

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
PBIKMNCH_2222266323397erm(B)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(B)BLASTX99.59100.00WP_002321849.1
PBIKMNCH_17768648780tet(O)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(O)BLASTX99.06100.00WP_014636291.1
PBIKMNCH_177892410141tet(40)tetracycline efflux MFS transporter Tet(40)BLASTX98.52100.00WP_009247026.1
PBIKMNCH_2222376524853cfr(C)23S rRNA (adenine(2503)-C(8))-methyltransferase Cfr(C)BLASTX97.2595.78WP_111690898.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
No hit found

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
PBIKMNCH_2221955823399FalseSiphoviridaeVOG8360,

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements