Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
5005.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
MGJAJOAL_291055612481tet(Q)ARO:3000191tet(Q)96.4197.56Z21523.1
MGJAJOAL_13999111196Mef(En2)ARO:3004659Mef(En2)99.50100.00AF251288.1
MGJAJOAL_5782329197CfxA3ARO:3003003CfxA3100.00100.00AF472622.2
MGJAJOAL_2879148714ErmFARO:3000498ErmF97.74100.00M17124.1

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
MGJAJOAL_5782329197cfxA3Ampicillin100.00100.00AF472622
MGJAJOAL_2879148714erm(F)Erythromycin, Lincomycin, Clindamycin, Quinupristin, Pristinamycin IA, Virginiamycin S99.88100.00M62487
MGJAJOAL_291055612481tet(Q)Doxycycline, Tetracycline, Minocycline99.84100.00L33696

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
MGJAJOAL_5782359197cfxA3extended-spectrum class A beta-lactamase CfxA3EXACTX100.00100.00WP_004348227.1
MGJAJOAL_1394579966lnu(AN2)lincosamide nucleotidyltransferase Lnu(AN2)EXACTX100.00100.00WP_004308783.1
MGJAJOAL_2879178714erm(F)23S rRNA (adenine(2058)-N(6))-methyltransferase Erm(F)BLASTX99.62100.00WP_063844771.1
MGJAJOAL_291055912481tet(Q)tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(Q)BLASTX99.53100.00WP_063856407.1
MGJAJOAL_13999411196mef(En2)macrolide efflux MFS transporter Mef(En2)BLASTX99.50100.00WP_063853729.1

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
No hit found

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
MGJAJOAL_13511561736repUS2584 / 68180.48BFU30316

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
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PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
No hit found

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements