Probiotic potential risk score


ARGs VFs PGs PPRS
0011.00

PPRS is classified as low-risk (≤4), medium-risk (4-6), and high-risk (≥6).

Antibiotic resistance genes


Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD)

Query ID Begin End ARO name ARO accession CARD name Identity Coverage Accession no.
No hit found

RGI v6.0.3 (Database: CARD Variants v4.0.2, Nov. 2023 release)

ResFinder

Query ID Begin End Resistance gene Phenotype Identity Coverage Accession no.
No hit found

ResFinder v4.6.0 (Database: resfinder_db, Aug. 2024 release)

AMRFinderPlus

Query ID Begin End Gene symbol Sequence name Method Identity Coverage Accession no.
No hit found

AMRFinderPlus v4.0.3 (Database: Oct. 2024 release)

Virulence factors


Virulence Factor Database (VFDB)

Query ID qstart qend Gene name e-value VF name VF category Identity Coverage Accession no.
No hit found

BLASTN v2.16.0 (Database: VFDB, Dec. 2024 release)

VirulenceFinder

Query ID Begin End Database Virulence factor Protein function Identity Coverage Accession no.
No hit found

VirulenceFinder v2.0. 4 (Database: virulencefinder_db, Feb . 2024 release)

Pathogenic genes


PHI-base

Query ID qstart qend Gene name e-value Function Identity Coverage Gene ID
LKPJAGCM_1702147621673CspA4.66e-29cold shock protein80.30100.00CAA62903
LKPJAGCM_1702147621670CspR2.02e-28cold shock protein81.5498.48AAO82613

BLASTX v2.16.0 (Database: PHI base v4.16, May. 2024 release)

Plasmid


PlasmidFinder

Query ID Begin End Plasmid Query / Template Identity Accession no.
LKPJAGCM_1781185212394rep38543 / 90385.82CP005943

PlasmidFinder v 2.1.6 (Database: plasmidfinder_db v 2.2.0 , Nov. 2024 release)

PlasmidHunter

Query ID Prediction Chromosome Plasmid
LKPJAGCM_10.01.00.0
LKPJAGCM_21.00.01.0
LKPJAGCM_31.00.01.0
LKPJAGCM_41.00.01.0
LKPJAGCM_110.01.00.0
LKPJAGCM_221.00.01.0
LKPJAGCM_330.01.00.0
LKPJAGCM_440.01.00.0
LKPJAGCM_550.01.00.0
LKPJAGCM_660.01.00.0
LKPJAGCM_760.01.00.0
LKPJAGCM_840.01.00.0
LKPJAGCM_940.01.00.0
LKPJAGCM_1040.01.00.0
LKPJAGCM_1050.01.00.0
LKPJAGCM_1140.01.00.0
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LKPJAGCM_1540.01.00.0
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LKPJAGCM_2050.01.00.0
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LKPJAGCM_2200.01.00.0
LKPJAGCM_2210.01.00.0
LKPJAGCM_2221.00.01.0
LKPJAGCM_2231.00.01.0
LKPJAGCM_2241.00.01.0
LKPJAGCM_2251.00.01.0
LKPJAGCM_2260.01.00.0
LKPJAGCM_2270.01.00.0
LKPJAGCM_2281.00.01.0
LKPJAGCM_2291.00.01.0
LKPJAGCM_2301.00.01.0
LKPJAGCM_2311.00.01.0
LKPJAGCM_2321.00.01.0
LKPJAGCM_2330.01.00.0
LKPJAGCM_2340.01.00.0
LKPJAGCM_2351.00.01.0
LKPJAGCM_2361.00.01.0
LKPJAGCM_2370.01.00.0

PlasmidHunter v 1.4.5 (Database: May. 2024 release)

Prophage


Phigaro

Query ID Begin End Transposable Taxonomy pVOGs
LKPJAGCM_94437236889FalseSiphoviridaeVOG3558, VOG0862, VOG9667, VOG3622, VOG4552, VOG2228, VOG3929, VOG1309, VOG0186, VOG0226, VOG4799, VOG0198, VOG3691, VOG4841, VOG4581, VOG1886, VOG10142, VOG4556, VOG4568, VOG0204, VOG0205, VOG4317, VOG0207, VOG4586, VOG0209, VOG0083, VOG0801, VOG3462, VOG10972, VOG0565, VOG9997, VOG11074, VOG4687
LKPJAGCM_1561387818859FalseUnknownVOG5292, VOG0275, VOG0862, VOG9667, VOG3622
LKPJAGCM_172304120198FalseUnknownVOG7438, VOG1047, VOG0021, VOG0026, VOG4606, VOG0327, VOG4548, VOG0198, VOG4581, VOG4571, VOG4544, VOG4556, VOG4573

Phigaro v2.4.0 (Database: Jan. 2024 release)


Insertion sequence (IS) elements